صفوی‌ها مذهب شیعه امامیه را در کشور، با خون و خشونت تحمیل کردند و در جهت گسترش مذهب شیعه، علمای شیعه را از مناطق عربی به خصوص از منطقه جبل عامل جنوب لبنان و از بحرین و سایر نقاط جهان به فارس (ایران) آوردند تا پایه‌های مذهب شیعه در قلمرو دولت آنها مستحکم شود و در واقع فقه شیعه و قوانین مذهب شیعه تدوین یابد. عالمان مذهب شیعه از لبنان و بحرین در اصفهان و شهرهای شیراز، تبریز، قزوین، مشهد و قم اسکان یافتند و به تدوین مذهب شیعه و تدریس تعالیم این مذهب در مدارس پرداختند. در دوره صفوی‌ها در واقع روحانیت شیعه نفوذ و اقتدار یافت و علمای شیعه از انزوا و حاشیه به مرکز قدرت انتقال یافتند.

سلاطین صفوی اصفهان را به کانون فقه شیعه مبدل کردند. نوعی از سازمان و تشکیلات در درون روحانیت شیعه ایجاد شد که حاکی از اقتدار فزایندهٔ فقها و متکلمین شیعه بود. صفوی‌ها با گزینش صدر عامه و صدر خاصه از روحانیون، عواید موقوفات را در اختیار شان قرار دادند. به آنها مناصبی چون شیخ الاسلام، قاضی و مفتی دادند و شبکهٔ وسیعی از حجت‌الاسلام را در سراسر شهرهای ایران گسترش دادند. در اواخر سلطنت صفوی نفوذ و قدرت عالمان مذهبی به جایی رسیده بودکه محمد باقر مجلسی معروف‌ترین و متنفذترین عالم شیعه که شیخ الاسلام اصفهان بود خود را نمایندهٔ امام زمان می‌پنداشت و سلطان حسین صفوی را نایب خود تعیین کرد.